С 27.10.40г. начальник таможни назначил официального заместителя - старшего инспектора Воронцова А.Ф. Тимофеева Е.Ф. назначена бухгалтером. На этих двоих и начальника возложено оформление документов таможни - ведение отчетности, получение и сдача в Госдоходы пошлин, подсчет импортно-экспортных и транзитных грузов, ведение и хранение финансовой переписки, хранение и учет книгам по конфискату, ведение трудовых книжек, бухгалтерия и многое другое. Им помогали опытные контролеры Чубис, Степанов, Евдокимов, Блинов. К декабрю 1940г. в штате таможни числилось 12 человек.
Служба Выборгских таможенников была организована следующим образом: грузы и товары, следующие на экспорт, а также импортные грузы досматривались, как правило, в Выборге. Финляндия поставляла бумагу, домики в разобранном виде, производственное оборудование, реже – изделия легкой промышленности. Обратно шли вагоны, загруженные льном. Через Выборг вывозились из СССР пиломатериалы и металл, в Финляндию – хлеб. Работа была организована посменно: через два дня выходных на третий. В обязанность таможни входили досмотр и подсчет (по месяцам и по роду груза) импортно-экспортных грузов и подвижных составов, досмотр пассажиров и багажа, регистрация всех пассажиров, следующих за границу и обратно, и их учет, контроль и оформление международной и транзитной корреспонденции.
На 14 июня 1941г., включая А.М. Лопяткина, штат таможни составлял 20 человек: начальник, заместитель, старший бухгалтер, 2 нач. поста – в Тронгзунде (Высоцк) и в Энсо (Светогорск, временный), 5 инспекторов и 10 контролеров. Оклад инспектора перед войной составлял 700-750 р., контролера - 600-700р., бухгалтера - 800р.
Всего в 1940-41гг. в Выборгской таможне работали начальник Лопяткин А.М., заместитель ст. инспектор Воронцов А.ф., инспектор Тимофеева Е.Ф. старший бухгалтер, Богданов К.М. - нач. Тронгзундского там. поста, Сиваков Г.И., инспектор, в 41г. нач. временного там. поста Энсо, контролеры: Андреев П.В., Векшин.А.А. ( в 41г. врид. инспектора), Чубис А.Ф., (в 41г. врид. инспектора), Булатов З. Ф. (врид. инспектора), Трифонов А.И., Федоров А.А., Блинков В.Ф., Поляков В.К., Шаталов Н.Ф., с 1941г. контролеры: Абрамов М.Т., Останин Я.И., Евдокимов Н.И., Шпак В.А., Кондыков И.Ф., Лобанов Н.А., Степанов Д.И. С 1941г. приняты инспекторы: Саломахин В.А., Васильев И.В., Бобровская-Громова В.В. в 1940-41гг. курьер-уборщица таможни.
Работа таможенников проходила в неспокойной предвоенной обстановке. С мая 1940 Финляндия взяла курс на укрепление отношений с нацистской Германией, а правительство СССР продолжало оказывать на финское руководство опасное давление, угрожая ее независимости.
В этих условиях Выборгская таможня продолжала выполнять свою обычную работу вплоть до первых дней войны. Досматривались грузы на поездах и причалах. 22 июня в Выборге был тихим мирным днем. К вечеру 23 июня финны вытолкнули на нашу сторону границы советские вагоны, одновременно пришел приказ больше не пропускать грузы в Финляндию.
В последние июньские дни А.М. Лопяткин объявил о ликвидации таможни, распорядился всем получить расчет и сдать обмундирование. Большая часть сотрудников отправилась в военкомат. Последний приказ по Выборгской таможне датируется 01.07.1941г. Таким образом, ранний этап деятельности Выборгской таможни продолжался одиннадцать месяцев. Ее работа была приостановлена в период Великой Отечественной войны до октября 1944г.